Строго говоря, теория Дарвина тоже является метафизической, а не научной, как указывал Поппер, сформулировавший достаточно четкое определение научной теории.
А вера в то, что идея мира со всеми физическими законами, эволюцией и т.д. появилась ДО того, как появился сам мир, ни в коей мере не мешает научным исследованиям. Ведь, наука не отвечает на основной вопрос "что первично", она лишь выясняет законы, по которым функционирует наш мир.